گروه مهندسی بهداشت محیط در سال 1375 همزمان با تأسیس دانشکده بهداشت شروع به کار نمود. تا قبل از سال 1375 فعالیتهای آموزشی و پژوهشی گروه مهندسی بهداشت محیط به صورت مشترک با گروه بهداشت و پزشکی اجتماعی انجام می گرفت و با تأسیس دانشکده بهداشت ومنتقل شدن گروههای آموزشی عملاً فعالیتهای آن به صورت گروه مستقل اداره می‌شود. اولین دوره پذیرش دانشجو در مقطع کاردانی مهندسی بهداشت محیط وبا ظرفیت پذیرش 25 نفر در سال 72 شروع گردید و به دنبال آن با تجهیزشدن آزمایشگاهها وکارگاهها و تکمیل اعضاء هیئت علمی مجوز پذیرش دانشجوی مقطع کارشناسی مهندسی بهداشت محیط نیز در سال 1375 توسط وزارتخانه ذیربط صار گردید. در سال 1387اولین دوره کارشناسی ارشد مهندسی بهداشت محیط پذیرش و علاوه براین، پذیرش دانشجوی PhD این رشته در نیمسال اول 1397/1396 انجام گردید. ضمناً گروه پیگیر راه اندازی مقطع کارشناسی ارشد گرایش بهره برداری و نگهداری تأسیسات بهداشت شهری می باشد و موضوع در مراحل نهایی تأیید بورد بهداشت محیط کشور است.