گروه مهندسی بهداشت محیط در سال 1375 همزمان با تأسیس دانشکده بهداشت شروع به کار نمود. تا قبل از سال 1375 فعالیتهای آموزشی و پژوهشی گروه مهندسی بهداشت محیط به صورت مشترک با گروه بهداشت و پزشکی اجتماعی انجام می گرفت و با تأسیس دانشکده بهداشت ومنتقل شدن گروههای آموزشی عملاً فعالیتهای آن به صورت گروه مستقل اداره می‌شود. اولین دوره پذیرش دانشجو در مقطع کاردانی مهندسی بهداشت محیط وبا ظرفیت پذیرش 25 نفر در سال 72 شروع گردید و به دنبال آن با تجهیزشدن آزمایشگاهها وکارگاهها و تکمیل اعضاء هیئت علمی مجوز پذیرش دانشجوی مقطع کارشناسی مهندسی بهداشت محیط نیز در سال 1375 توسط وزارتخانه ذیربط صار گردید. در سال 1387اولین دوره کارشناسی ارشد مهندسی بهداشت محیط پذیرش و علاوه براین، پذیرش دانشجوی PhD این رشته در نیمسال اول 1397/1396 انجام گردید. ضمناً گروه پیگیر راه اندازی مقطع کارشناسی ارشد گرایش بهره برداری و نگهداری تأسیسات بهداشت شهری می باشد و موضوع در مراحل نهایی تأیید بورد بهداشت محیط کشور است.

تاریخچه: گروه مهندسی بهداشت حرفه‌­ای و ایمنی‌کار دانشكده بهداشت در سال 1375 همزمان با تاسيس دانشكده بهداشت فعاليت خود را آغاز نموده و همگام با توسعه دانشكده زمينه فعاليت گروه و تعداد اعضاء آن نيز افزايش يافته است. اولین دانشجویان این رشته در مقطع کاردانی و با نام رشته بهداشت حرفه‌ای در این دانشکده مشغول به تحصیل شدند. سپس در سال 1379، اولین دوره کارشناسی ناپیوسته بهداشت حرفه‌ای، در سال 1388 اولین دوره بهداشت حرفه‌ای نیز افزوده شد و از سال 1397 نام رشته به مهندسی بهداشت حرفه‌ای و ایمنی کار تغییر یافت. ماموریت این گروه تربیت نیروی انسانی متخصص، آموزش نظری و عملی دانشجویان در مقطع کارشناسی پیوسته طبق برنامه مصوب و سرفصل‌های پیش‌بینی شده و انجام پژوهش­های بنیادی و کاربردی جهت تأمین نیازهای بهداشت و ایمنی کار و متناسب با خصوصیات آب و هوای کویری منطقه و نیز وفور می‌باشد.

گروه بهداشت عمومي دانشكده بهداشت در سال 1375 همزمان با تاسيس دانشكده بهداشت فعاليت خود را آغاز نموده و همگام با توسعه دانشكده زمينه فعاليت گروه و تعداد اعضاء آن نيز افزايش يافته است. ماموریت این گروه آموزش نظری و عملی دانشجویان در مقطع کارشناسی پیوسته طبق برنامه مصوب و سرفصل‌های پیش‌بینی شده در رشته‌های مرتبط با گروه به نحوی که دانشجویان این دانشکده از جدیدترین اطلاعات مورد نیاز برخوردار باشند. رسالت و برنامه راهبردی گروه: تعریف رشته :بهداشت عمومی شاخه اساسی علوم بهداشتی است.دانشجویان آن در جهت حفاظت در ارتقاء و بازسازی سلامت افراد جامعه فعالیت می کنند. دانشجویان این رشته باید مجهز به مجموعه ای از علوم و مهارت و اعتقاداتی باشند که در جهت حفظ ، توسعه و ارتقاء سلامت جامعه تلاش نمایند. رسالت این رشته : آموزش و تربیت نیروهای آشنا، معتقد و عامل به مفاهیم، مبانی، و راه کارهای تامین، حفظ و ارتقاء سلامت برای جامعه، خانواده و فرد است. چشم انداز : فراگیران ضمن تثبیت جایگاه خود در بخش بهداشت و آموزش بر اساس استانداردهای جهانی امکان جذب در بازار کار و رفع نیاز جامعه را ایجاد نمایند. اهداف : 1. با آگاهی و عملکرد همسو با نیازهای جامعه، خانواده و فرد با ارزیابی و ارزشیابی عوامل خطر و مداخله و تغییر در سطح بهداشت محیط، خانواده و فرد آشنا باشند 2. در چگونگی اثر گذاری عوامل انسانی، محیطی، اقتصادی، اجتماعی بر چگونگی تامین، حفظ و ارتقاء سلامتی در سطوح مختلف آشنا باشند 3. از چگونگی مداخله از طریق نیاز سنجی ها، آموزش بهداشت، کنترل اپیدمیها، مراقبت از چگونگی تغذیه و تغییر در شاخص های سلامتی در سطح جامعه آگاهی داشته باشند جایگاه این رشته :دانشجویان رشته بهداشت عمومی در حرفه آینده خود در جامعه نقشهای زیر را بر عهده خواهند داشت: 1. نقش آموزشی : آموزش به افراد تحت پوشش 2. نقش پژوهش : کمک به پژوهش های کاربردی (HSR) در عرصه های بهداشتی کشور 3. نقش مراقبتی : شرکت در برنامه های مصوب وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در سطح کل جامعه مانند مراقبت از رشد و تکامل کودکان، مراقبت از مادران باردارو... نحوه پذیرش دانشجو در مقاطع تحصیلی:کارشناسی پیوسته- کارشناسی ناپیوسته(کاردانی بهداشت خانواده و کاردانی مبارزه با بیماریها) موقعیت شغلی و آینده فارغ التحصیلان: دانشجویان این رشته پس از فراغت از تحصیل در بخش دولتی؛ در مراکز بهداشتی درمانی شهری و روستایی و پایگاه های شهری مشغول به فعالیت می باشند. طول مقطع تحصیلی در کارشناسی، کارشناسی ارشد، دکترای: به ترتیب 4و2 و 5 سال می باشد گرایشها و رشته ها برای ادامه تحصیل در این رشته: به طور کلی دانشجویان کارشناسان بهداشت عمومی می توانند دوره تحصیلات تکمیلی خود را در رشته های مختلف به شرح ذیل ادامه دهند. 1.آموزش بهداشت 2.آمار زیستی 3. اپیدمیولوژی 4. اقتصاد بهداشت(گرایش توسعه بهداشت و درمان –سیاستگذاری و برنامه ریزی بهداشت و درمان)5.اکولوژی انسانی 6. انفورماتیک پزشکی 7. ارزیابی فناوری سلامت (HTA)8.بهداشت و ایمنی مواد غذایی 9. تاریخ علوم پزشکی 10. حشره شناسی پزشکی و مبارزه با ناقلین 11. رفاه اجتماعی 12. زیست فن آوری پزشکی 13. سم شناسی 14. سلامت سالمندی 15. علوم تغذیه 16. علوم تغذیه در بحران و حوادث غیر مترقبه 17. علوم بهداشتی در تغذیه 18.فیزیولوژی 19. کتابداری و اطلاع رسانی پزشکی 20. فناوری اطلاعات سلامت 21. مدیریت خدمات بهداشتی درمانی 22. مهندسی بهداشت محیط 23. مدیریت توانبخشی 24. نانوتکنولوژی پزشکی.

گروه آمار زیستی و اپیدمیولوژی در سال 1391 به صورت مستقل فعالیت خود را آغاز نموده است. با پیشرفت روز افزونی که در زمینه تحقیقات علمی حاصل شده است دیگر هیچ علمی در بیان یافته‌ها و حقایق مورد مطالعه خود از کاربرد روشهای آماری بی نیاز نیست. علم آمار زیستی از علومی است که به طور روز افزون در کلیه‌ی زمینه‌های پژوهشی کاربرد دارد. آمار زیستی شاخه‌ای از آمار است که تمرکز و تاکید آن بر توسعه و استفاده از روشهای آماری است که به سوالات درزمینه‌ی بهداشت، پزشکی، ژنتیک و بیولوژی پاسخ می دهد. بنابراین دانشگاه علوم پزشکی کاشان درصدد برآمد تا گروه آمار زیستی را به صورت یک گروه مستقل تشکیل دهد. اعضای گروه بر این باورند که تلاششان باید منجر به تربیت دانش آموختگانی شود که از حیث دانش و تخصص و تعهد حرفه‌ای متمایز بوده و هریک در محیط‌های کاری آینده خود نمایندگانی شایسته باشند. این گروه دارای خدمات آموزشی و پژوهشی در دانشگاه به شرح ذیل می باشد: تدریس دروس آمار در مقاطع کارشناسی، ارشد، دکتری در کلیه دانشکده‌های دانشگاه علوم پزشکی کاشان مشاوره طرح‌های پژوهشی و پایان‌نامه‌های تحصیلی دانشجویان مقاطع تحصیلی مختلف دانشگاه علوم پزشکی کاشان ارائه خدمات مشاوره‌ای به مراکز تحقیقاتی مشارکت در انجام تحقیقات و پروژه‌های دانشگاه و دستگاه‌های مرتبط برگزاری کارگاه‌های عمومی و تخصصی در زمینه‌ی آمار و نرم‌افزارهای آماری

گروه مدیریت سلامت، ایمنی و محیط زیست در سال 1394 تحت مسئولیت گروه مهندسی بهداشت حرفه ای و ایمنی کار فعالیت خود را آغاز نمود و در سال 1397 به صورت یک گروه مستقل با ابلاغ اعضاء آن توسط معاونت آموزشی دانشگاه شکل گرفت.

رشته کارشناسی مدیریت خدمات بهداشتی درمانی در مورخ 1401/05/01 نامه به شماره ی 500/67/د بر اساس مصوبه صادره از شورای گسترش وزارت بهداشت و در راستای اهداف توسعه ی حوزه آموزش دانشگاه با حمایت معاونت آموزشی دانشگاه و مسئولین دانشکده بهداشت و با تلاش و پیگیری آقای محمد صباحی بیدگلی(عضو هیئت علمی و مدیر گروه بهداشت عمومی) در این دانشگاه راه اندازی گردید.

گروه آموزش تربیت بدنی دانشگاه در سال 1395 پس از استقلال از گروه عمومی و واگذاری گروه به معاونت آموزشی دانشگاه، در نیمسال دوم سال تحصیلی 1398 به دانشکده بهداشت منتقل گردید. این گروه مسئولیت برگزاری واحدهای آموزشی تربیت بدنی 1 و 2 دانشجویان کلیه دانشکده های دانشگاه شامل پزشکی، دندانپزشکی، بهداشت، پرستاری مامائی، پیراپزشکی و پردیس دانشگاه را بر عهده دارد و هر ترم تحصیلی به طور متوسط 40 تا 48 واحد آموزشی را برای دانشکده های مذکور برگزار می نماید. اکثر واحدهای آموزشی گروه توسط اساتید ممتاز مدعو از شهر کاشان برگزار می شود. با تاسیس گروه آموزشی، انتخاب واحدهای آموزشی تربیت بدنی یک و دو به انتخاب دانشجویان واگذار گردید. در تربیت بدنی یک که محتوای آموزشی نظری و عملی دارد مبانی و اصول آمادگی جسمانی مرتبط با سلامت تدریس می شود. مطالب نظری به صورت مجازی در آموزش مجازی دانشگاه تعریف شده است که چگونگی دسترسی به آن از طریق کارشناس آموزش تربیت بدنی اطلاع رسانی می شود. واحد تربیت بدنی 2 نیز آموزش مهارت های شنا، والیبال، بدمینتون، فوتسال و ... که امکان برگزاری آن در اماکن ورزشی دانشگاه وجود دارد تعریف شده و دانشجویان می توانند از میان آنها واحد مورد نظر خود را انتخاب نمایند.